Substrate in Naturterrarien haben viele Funktionen und dienen nicht nur dekorativen Zwecken. Sie spielen zum Beispiel eine sehr wichtige Rolle bei der Bestimmung des Mikroklimas im Terrarium. Grabende und wühlende Reptilien und Amphibien haben andere Bedürfnisse als baumbewohnende Arten, während Wüstentiere wiederum eine andere Art von Substrat bevorzugen. Wird beispielsweise ein Substratheizer wie die Heat Wave verwendet, ist die Wärmeleitfähigkeit wichtig. Darüber hinaus trägt die Absorptionskapazität zur Gesamtluftfeuchtigkeit bei. Exo Terra hat eine Reihe von Substraten für trockene, feuchte und Aqua-Terrarien entwickelt, die allesamt aus natürlichen Materialien bestehen.