Los sustratos en los terrarios naturales tienen muchas funciones y no solo están ahí con fines decorativos. Desempeñan un papel muy importante en la determinación del microclima del terrario. Los reptiles y anfibios excavadores y escarbadores tienen necesidades diferentes a las de las especies arborícolas, mientras que los animales del desierto prefieren otro tipo de sustrato. La conductividad térmica es importante cuando se utiliza un calentador de sustrato como el Heat Wave y la capacidad de absorción contribuirá a la humedad general del aire. Exo Terra desarrolló una serie de sustratos para el terrario seco, húmedo y acuático, todos hechos de materiales naturales.